Богатая природная среда Индонезии благоприятствует большому разнообразию фауны и флоры. В Индонезии склоны гор в верхнем ярусе покрыты смешанными и хвойными лесами, чуть ниже -влажными тропическими лесами, в которых встречаются деревья высотой до 50 м. На равнинах архипелага преобладают леса из пальм, фикусов, а в подлеске растет папоротник.

На территориях, где выпадает не так много осадков, встречаются казуариновое ("красное") дерево и бамбук. На южных островах можно увидеть австралийскую растительность, например, здесь распространен эвкалипт. На побережьях в заболоченных областях преобладают мангровые заросли, на песчаных побережьях растут казуарины и кокосовые пальмы. На территории архипелага также встречается раффлезия -удивительный цветок, самый большой в мире (диаметром до 1 метра) ярко оранжевого цвета. На юге архипелага встречаются участки саванн, вдоль побережий — мангровые заросли.

Тропические леса Индонезии исчезают с катастрофической скоростью, особенно на Калимантане, где яростно вырубаются ради прочной и твёрдой древесины тропических деревьев. Большая часть девственных лесов сведена под с.-х. угодья (особенно на о-ве Ява). На западе Явы, в городе Богор, находится всемирно известный ботанический сад, в котором представлены самые разнообразные формы экваториальной флоры.