На западных островах Индонезии обитают азиатские животные - слон, носорог, тигр, орангутан, а на восточном острове Новая Гвинея - сумчатые животные (ехидны, кускусы, древесное кенгуру). В Индонезии множество эндемичных животных: на островах Суматра и Калимантан - малайский медведь, на Яве и Калимантане - дикий бык, на Сулавеси - бабируса (дикая свинья). В тропических лесах водятся змеи, крокодилы и ящерицы, на острове Комодо можно встретить гигантскую ящерицу - варана комодо.

Из птиц на островах обитают райская птица, птица-носорог, казуара, разнообразные попугаи.

В омывающих архипелаг водах водится множество рыб-анчоусы, бычки, летучие рыбы, сардины, скумбрия, тунец, акулы, скаты и дельфины, иногда заплывают рыба-пила, рыба-меч и барракуда, а в водах близ острова Бали - морские черепахи. В Индонезии много заповедников и национальных парков - Гунунг-Лесер, Комодо-Падар-Ринко, Уджунг-Кулон и др. На островах Ириан Джайа, Ява, Калимантан, Сулавеси и Суматра есть заповедники и специальные парки, созданные для охраны особых территорий, например, Комодо, место обитания дракона Комодо.