Вероятно, из-за причин напряженности внутри страны стало резкое изменение климата: к XXIII веку стала чувствоваться близость пустыни — лето стало более засушливым. Об этом говорит, например, отсутствие дождевых стоков в жилищах египтян, характерных для архитектуры предыдущих столетий. Кроме того, к середине III тысячелетия уже были осушены болота и распаханы целинные земли. Жителям теперь приходилось увеличивать урожай за счет интенсификации земледелия и использования новых культур.

Климат Северной Африки 10-12 тыс. лет тому назад был менее засушлив, чем теперь. Еще недавно завершилось таяние льдов, покрывавших часть Европы в конце Ледникового периода. Над Северной Африкой проносились влажные ветры, выпадали обильные дожди, и на месте теперешних пустынь была саванна с высоким травяным покровом, с богатым животным миром.

Охотничьи племена, находившиеся на стадии мезолита и раннего неолита, жили на просторах теперешней Сахары. Это они оставили нам наскальные рисунки, изображающие слонов, страусов, жирафов, антилоп, буйволов, динамичные сцены охоты на них. Все эти животные - не обитатели пустынь. Свидетелями более мягкого климата в прошлом служат и многочисленные вади - сухие русла рек, некогда с запада и с востока впадавших в Нил. К V тысячелетию до х.э. ослабляется влияние влажных ветров, в Северной Африке наступает засушливая пора, понижается уровень грунтовых вод, саванна постепенно превращается в пустыню.