Большую часть территории страны занимают плато с высотами от 300 до 1000 м (плато Ливийской, Аравийской и Нубийской пустынь), которые постепенно повышаются на востоке до 2200 м и обрываются к Красному морю и Суэцкому заливу.

В северной части Ливийской пустыни развиты крупные бессточные впадины эолового происхождения — Каттара (-133 м), Эль-Файюм (-43 м) и Сива (-17 м) с одноимёнными оазисами, на западе — обширные области с барханами и дюнами. К востоку от Нила расположена Аравийская пустыня с многочисленными сухими руслами рек (вади), на юго-востоке — Нубийская пустыня.

Между обрывистыми плато Ливийской и Аравийской пустынь врезана долина Нила. Наиболее возвышенная часть страны — Синайский полуостров (гора Катерин, 2637 м).

На крайнем востоке страны в обрамлении Красного моря в виде узкой полосы (100-220 км) развит горный рельеф с максимальными высотами 2184 м (г. Шаиб-эль-Банат).

Весной в Египте из пустыни дует жаркий пыльный ветер «хамсин». Он начинается с резкого падения атмосферного давления, за которым следует повышение температуры. Температура воздуха повышается до +40°C, влажность падает до 10%. Благодаря морскому бризу летняя жара в Хургаде переносится значительно легче, а ветер создает впечатление прохлады.