Антиклерикальная программа новой конституции страны вызвала обострение отношений государства с церковью. В 1926 году в Мексике началось восстание кристерос, сторонников церкви, в основном крестьян, которые убивали представителей правительства и сжигали светские школы.
В начале 1925 года Плутарко Элиас Кальес, вступивший на пост президента Мексики, принял ряд мер, осуществление которых оказалось возможным благодаря конституции 1917 года, по ограничению влияния церкви. Так, например, запрещалось носить церковное облачение в общественных местах (то есть вне здания церкви, за нарушение этого запрета полагался штраф в размере 500 песо. Кроме того священнослужитель, критикующий правительство, мог быть лишен свободы сроком на 5 лет. Из Мексики были изгнаны все иностранные священники, закрыты монастыри и религиозные школы, конфискованы некоторые здания, принадлежащие церкви. Был арестован архиепископ Мексики, выступивший за отмену антиклерикальных положений конституции.

В июле 1926 года мексиканские епископы решили приостановить проведение богослужений в церквях, правительство же сочло это решение попыткой настроить народ против государства. Прекращение богослужений ознаменовало начало восстания кристерос.
23 февраля 1927 года, кристерос одержали первую победу в Сан-Франсиско-дель-Ринкон (Гуанахуато), за ней последовала ещё одна — в Сан-Хулиане (Халиско).

Урегулирование конфликта стало возможным при лояльно настроенном к церкви президенте Эмилио Портесе. В 1929 году при содействии США (в которых восстание вызвало проблемы с поставками нефти) и Ватикана удалось примирить духовенство и мексиканское правительство. Однако условия этого мира не устроили большинство повстанцев, продолжавших борьбу в течение ещё двух лет.
Война унесла более 90 тысяч жизней: 56 тыс. 882 человека со стороны федеральных войск, 30 тыс. кристерос, и большое число гражданских лиц и кристерос, которые были убиты в антиклерикальных рейдах после окончания конфликта.